ヒト乳がんにおける体細胞ゲノム再編成の複雑な全体像

2009年年末最後（に近い）論文はNatureのarticleである。ここでの再構成はgene duplicationに焦点が当たっているようだ。全ゲノム解析でゲノム量の多寡を検索することは実は容易でない。まだ本文を読んでいないが、この世界もだんだんデータ量が増えてきて全体像をつかむのが困難になりつつある。

Nature 462, 1005-1010 (24 December 2009)

遺伝: ヒト乳がんにおける体細胞ゲノム再編成の複雑な全体像.

Complex landscapes of somatic rearrangement in human breast cancer genomes

Philip J. Stephens¹, David J. McBride¹, Meng-Lay Lin¹, Ignacio Varela¹, Erin D. Pleasance¹, Jared T. Simpson¹, Lucy A. Stebbings¹, Catherine Leroy¹, Sarah Edkins¹, Laura J. Mudie¹, Chris D. Greenman¹, Mingming Jia¹, Calli Latimer¹, Jon W. Teague¹, King Wai Lau¹, John Burton¹, Michael A. Quail¹, Harold Swerdlow¹, Carol Churcher¹, Rachael Natrajan², Anieta M. Sieuwerts³, John W. M. Martens³, Daniel P. Silver⁴, Anita Langerd⁵, Hege E. G. Russnes⁵, John A. Foekens³, Jorge S. Reis-Filho², Laura van t Veer⁶, Andrea L. Richardson^4,7, Anne-Lise Brresen-Dale^5,8, Peter J. Campbell¹, P. Andrew Futreal¹ & Michael R. Stratton^1,9

1. Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, UK
2. Molecular Pathology Laboratory, The Breakthrough Breast Cancer Research Centre, Institute of Cancer Research, 237 Fulham Road, London SW3 6JB, UK
3. Department of Medical Oncology, Josephine Nefkens Institute, Erasmus University Medical Center, PO Box 2040, 3000 CA, Rotterdam, The Netherlands
4. Department of Cancer Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Harvard Medical School, Boston, Massachusetts 02115, USA
5. Department of Genetics, Norwegian Radium Hospital, Oslo University Hospital, Montebello, N-0310 Oslo, Norway
6. The Netherlands Cancer Institute, 121 Plesmanlaan, 1066 CX Amsterdam, The Netherlands
7. Department of Pathology, Brigham and Womens Hospital, Harvard Medical School, Boston, Massachusetts 02115, USA
8. Department of Genetics, Institute for Cancer Research, Oslo University Hospital Radiumhospitalet, Montebello, 0310 Oslo, Norway
9. Institute of Cancer Research, Sutton, Surrey SM2 5NG, UK.

Abstract

が んでは、多数の体細胞ゲノム再編成が頻繁にみられる。しかし、再編成の基盤となる過程やそのがん発生への寄与については、ほとんど解明されていない。今回 我々は、両末端（paired-end）塩基配列決定法を用いて、乳がんでの体細胞ゲノム再編成の特徴を明らかにする。一部の乳がんには、従来認められて いたよりも多くの再編成が存在した。再編成は、遺伝子領域でより高頻度にみられ、また大部分が染色体内で起こっている。多数の再編成構造が存在するが、一 部のがんでは縦列重複が特によくみられ、これはおそらくDNA維持における特異的異常を反映していると考えられる。ほとんどの再編成結合部で短い重複配列 がみられることは、これらが非相同末端結合によるDNA修復を介するものであることを示している。しかし、さまざまな配列パターンがあることから、このタ イプの過程は多数作動していると考えられる。読み枠を維持したインフレーム融合遺伝子がいくつか発現していることが明らかになったが、頻発するものはな かった。この研究は、がんゲノム解析に新しい視点をもたらすものであり、体細胞ゲノム再編成の多様性やそのがん発生への寄与の可能性をはっきり示してい る。