肺扁平上皮癌の詳細なゲノム変異：nature

肺扁平上皮癌の詳細なゲノム変異のデータがnatureに報告された。

Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers 

The Cancer Genome Atlas Research Network

Nature　489,　519–525　(27 September 2012) 　　Received 09 March 2012 　　Accepted 09 July 2012 　　Published online 09 September 2012

肺扁平上皮がんにより全世界で年間およそ40万人が死亡する。肺扁平上皮がんのゲノム変化を包括的な解析された研究はこれまで報告がなく、このがんに対する分子標的薬はない。

1. 本研究では肺扁平上皮がん178検体の特徴を解析し、ゲノム変化とエピゲノム変化についての包括的な全体像を示した。
2. 肺扁平上皮がんは複雑なゲノム変化を特徴としており、1つの腫瘍につき平均で360個のエキソン変異、165か所のゲノム再編成、323か所のコピー数変化が見られた。
3.  11個の遺伝子に統計学的有意な変異を発見し、その中には、ほぼすべての検体に見られるTP53の変異も含まれていた。
4.  HLA-AクラスI主要組織適合遺伝子に、これまでに報告されていなかった機能喪失変異が見つかった。
5. 著しく変化した経路には、腫瘍の34％にNFE2L2とKEAP1、44％に扁平上皮分化遺伝子、47％にホスファチジルイノシトール-3-OHキナーゼ経路の遺伝子、72％にCDKN2AとRB1が含まれていた。
6. 大部分の腫瘍で治療標的候補が同定できたので、肺扁平上皮がん治療研究の新たなアプローチを提案する。
   
7.  We identified a total of 48,690 non-silent mutations with a mean of 228 non-silent and 360 total exonic mutations per tumour, corresponding to a mean somatic mutation rate of 8.1 mutations per megabase (Mb) and median of 8.4 per Mb. That rate is higher than rates observed in other TCGA projects including acute myelogenous leukaemia (0.56 per Mb), breast carcinoma (1.0 per Mb), ovarian cancer(2.1 per Mb), glioblastoma multiforme(2.3 per Mb) and colorectal carcinoma (3.2 per Mb) (data as of 1 February 2012, P < 2.2 × 10⁻¹⁶ by t-test or Wilcoxon’s rank sum test for lung SQCC versus all others).
   
8. We identified 10 genes with a false discovery rate (FDR) Q value < 0.1: TP53, CDKN2A, PTEN, PIK3CA, KEAP1, MLL2, HLA-A, NFE2L2, NOTCH1 and RB1, all of which demonstrated robust evidence of gene expression as defined by reads per kilobase of exon model per million mapped reads (RPKM) .