子宮内膜癌を分子分類で４分類する論文が登場:nature

子宮内膜癌を分子分類で大きく4つに分ける論文が登場した。


Nature497,67–73 (02 May 2013) 
Received 10 December 2012 
Accepted 21 March 2013 
Published online 01 May 2013 

Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma
The Cancer Genome Atlas Research Network

An integrative genomic analysis of several hundred endometrial carcinomas shows that a minority of tumour samples carry copy number alterations or TP53 mutations and many contain key cancer-related gene mutations, such as those involved in canonical pathways and chromatin remodelling; a reclassification of endometrial tumours into four distinct types is proposed, which may have an effect on patient treatment regimes.

この手の論文で大事なのは、今後行われるはずのプロスペクティブ研究が容易かどうかということだ。観点は２つあって、

１）解析手段はできるだけ単純な方が良い。乳癌で分子分類を念頭に免疫染色で代行しているのは安価で単純である。

２）今ひとつは、結果の解析・解釈が誰が見ても妥当なこと、あるいは誰にでもできること。
　　（乳癌の分子分類の解釈は一般の研究者にはできない。会社に引き取られた検体は会社で検査され、スコア化される）

この二つを兼ね備える検査系を確立することが肝要であるが、実際にはこれがなかなか容易でない。

そこで今回の論文の実験と方法を抜き書きして、参考論文を挙げてみた。

Biospecimens were obtained from 373 patients after Institutional Review Board approved consents. DNA and RNA were co-isolated using a modified AllPrep kit (Qiagen). We used Affymetrix SNP 6.0 microarrays to detect SCNAs in 363 samples and GISTIC analysis to identify recurrent events (37). The exomes of 248 tumours were sequenced to a read-depth of at least x 20. We performed low-pass whole-genome sequencing on 107 tumours to a mean depth of  x 6. Consensus clustering was used to analyse mRNA, miRNA, RPPA and methylation data with methods previously described (38–40). Integrated cross-platform analyses were performed using MEMo, iCluster and PARADIGM (25,31).

（37）

（38）

（39）

（40）

（25）

（31）