2010年2月21日日曜日

Nature18 February 2010から大きな論文

久しぶりに読み応えのありそうな論文が出た。
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Article

Nature 463, 893-898 (18 February 2010) | doi:10.1038/nature08768; Received 16 April 2009; Accepted 14 December 2009

Signatures of mutation and selection in the cancer genome

遺伝: がんゲノムの変異および選択における特徴

このNature Japanの訳はいまひとつわかりにくい。他の雑誌と比べてNature Japanの翻訳家は比較的アクロバティックな訳が得意であり、思わず「ナイス！」といいたくなることも多いのだが、この訳はぴんと来ない。もっと意訳をして欲しい。たとえば「癌化とともに遺伝子変異はどのように選ばれてゲノムに刻印されていくのか？」とか「選ばれてゲノムに刻印された変異の特徴」とか「多くの突然変異のなかで、特に選ばれてゲノムに蓄積されていく変異の特徴とは」とか・・・いかがであろうか？まだ本文を読んでもいないのに大胆かしら？しかし標題は全てを表すのであり、ボクが英語のSignatures of mutation and selection in the cancer genome から受ける印象と著者の心意気は以上のようなものだ。

読んで欲しいのなら工夫をしなくては！！

Graham R. Bignell1,4, Chris D. Greenman1,4, Helen Davies1, Adam P. Butler1, Sarah Edkins1, Jenny M. Andrews1, Gemma Buck1, Lina Chen1, David Beare1, Calli Latimer1, Sara Widaa1, Jonathon Hinton1, Ciara Fahey1, Beiyuan Fu1, Sajani Swamy1, Gillian L. Dalgliesh1, Bin T. Teh2, Panos Deloukas1, Fengtang Yang1, Peter J. Campbell1, P. Andrew Futreal1 & Michael R. Stratton1,3

  1. Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridge CB10 1SA, UK
  2. Van Andel Institute, Grand Rapids, Michigan 49503, USA
  3. Institute of Cancer Research, Sutton, Surrey SM2 5NG, UK
  4. These authors contributed equally to this work.

Correspondence to: P. Andrew Futreal1Michael R. Stratton1,3 Correspondence and requests for materials should be addressed to M.R.S. (Email: mrs@sanger.ac.uk) or P.A.F. (Email: paf@sanger.ac.uk).

Abstract

がんゲノムは、体細胞突然変異と選択という2つの過程によって形成される。がんゲノムでのホモ接合性欠失は、劣性がん遺伝子に生じた場合には選択的増殖優位性を獲得し、脆弱な部位に生じた場合にはDNA切断率の局所的増加を反映すると考えられている。しかし、がんゲノムでのホモ接合性欠失の多くは原因不明である。今回我々は、746種のがん細胞株における2,428個の体細胞のホモ接合性欠失を同定した。これらの欠失はタンパク質をコードする遺伝子の 11%と重なっており、したがってヒト細胞の生存に必須ではない。我々は、劣性がん遺伝子上、あるいは脆弱部位内にあるホモ接合性欠失を識別するための構 造的特徴を導き出した。原因不明のホモ接合性欠失のクラスターにこれを適用すると、その多くは本来脆弱な領域に存在するが、一部は劣性がん遺伝子と重なる ことが明らかとなった。今回の結果は、がんゲノムにおける変異と選択との影響を識別するために、構造的特徴がどのように使えるかを示している。公開されて いる数多くのがん細胞株におけるコピー数、遺伝子型同定、配列および発現に関するこの膨大なデータは、将来のがん生物学および創薬の研究にとって有益な情 報となる。

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Article

Nature 463, 899-905 (18 February 2010) | doi:10.1038/nature08822; Received 2 June 2009; Accepted 23 December 2009

The landscape of somatic copy-number alteration across human cancers

医学: ヒトがんの体細胞性コピー数変化の全体像

Rameen Beroukhim1,3,4,5,24, Craig H. Mermel1,3,24, Dale Porter8, Guo Wei1, Soumya Raychaudhuri1,4, Jerry Donovan8, Jordi Barretina1,3, Jesse S. Boehm1, Jennifer Dobson1,3, Mitsuyoshi Urashima9, Kevin T. Mc Henry8, Reid M. Pinchback1, Azra H. Ligon4, Yoon-Jae Cho6, Leila Haery1,3, Heidi Greulich1,3,4,5, Michael Reich1, Wendy Winckler1, Michael S. Lawrence1, Barbara A. Weir1,3, Kumiko E. Tanaka1,3, Derek Y. Chiang1,3,13, Adam J. Bass1,3,4, Alice Loo8, Carter Hoffman1,3, John Prensner1,3, Ted Liefeld1, Qing Gao1, Derek Yecies3, Sabina Signoretti3,4, Elizabeth Maher10, Frederic J. Kaye11, Hidefumi Sasaki12, Joel E. Tepper13, Jonathan A. Fletcher4, Josep Tabernero14, José Baselga14, Ming-Sound Tsao15, Francesca Demichelis16, Mark A. Rubin16, Pasi A. Janne3,4, Mark J. Daly1,17, Carmelo Nucera7, Ross L. Levine18, Benjamin L. Ebert1,4,5, Stacey Gabriel1, Anil K. Rustgi19, Cristina R. Antonescu18, Marc Ladanyi18, Anthony Letai3, Levi A. Garraway1,3, Massimo Loda3,4, David G. Beer20, Lawrence D. True21, Aikou Okamoto22, Scott L. Pomeroy6, Samuel Singer18, Todd R. Golub1,3,23, Eric S. Lander1,2,5, Gad Getz1, William R. Sellers8 & Matthew Meyerson1,3,5

  1. Cancer Program and Medical and Population Genetics Group, The Broad Institute of M.I.T. and Harvard, 7 Cambridge Center,
  2. Whitehead Institute for Biomedical Research, 9 Cambridge Center, Cambridge, Massachusetts 02142, USA
  3. Departments of Medical Oncology, Pediatric Oncology, and Cancer Biology, and Center for Cancer Genome Discovery, Dana-Farber Cancer Institute, 44 Binney Street,
  4. Departments of Medicine and Pathology, Brigham and Women’s Hospital, 75 Francis Street,
  5. Departments of Medicine, Pathology, Pediatrics, and Systems Biology, Harvard Medical School, 25 Shattuck Street,
  6. Department of Neurology, Children’s Hospital Boston, 300 Longwood Avenue,
  7. Department of Pathology, Beth Israel Deaconess Medical Center, 3 Blackfan Circle, Boston, Massachusetts 02115, USA
  8. Novartis Institutes for BioMedical Research, 250 Massachusetts Avenue, Cambridge, Massachusetts 02139, USA
  9. Division of Molecular Epidemiology, Jikei University School of Medicine, 3-25-8 Nishi-shimbashi, Minato-ku, Tokyo 105-8461, Japan
  10. Department of Internal Medicine, UT Southwestern Medical Center, Dallas, Texas 75390-9186, USA
  11. Genetics Branch, Center for Cancer Research, National Cancer Institute and National Naval Medical Center, Bethesda, Maryland 20889, USA
  12. Department of Surgery II, Nagoya City University Medical School, Nagoya 467-8601, Japan
  13. Department of Genetics and Radiation Oncology, UNC/Lineberger Comprehensive Cancer Center, University of North Carolina, School of Medicine, Chapel Hill, North Carolina 27599, USA
  14. Medical Oncology Program, Vall d’Hebron University Hospital Research Institute, Vall d’Hebron Institute of Oncology, and Autonomous University of Barcelona, 08035 Barcelona, Spain
  15. Department of Pathology and Division of Applied Molecular Oncology, University Health Network, Princess Margaret Hospital and Ontario Cancer Institute, Toronto, Ontario M5G 2M9, Canada
  16. Department of Pathology and Laboratory Medicine, Weill Cornell Medical College, New York, New York 10065, USA
  17. Center for Human Genetic Research, Massachusetts General Hospital, Richard B. Simches Research Center, Boston, Massachusetts 02114, USA
  18. Departments of Medicine and Pathology, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, 1275 York Avenue, New York, New York 10065, USA
  19. Departments of Medicine (GI Division) and Genetics, and Abramson Cancer Center, University of Pennsylvania, 415 Curie Boulevard, Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA
  20. Section of Thoracic Surgery, Department of Surgery, University of Michigan, Ann Arbor, Ann Arbor, Michigan 48109, USA
  21. Department of Pathology, University of Washington Medical Center, 1959 North East Pacific Street, Seattle, Washington 98195-6100, USA
  22. Department of Obstetrics and Gynecology, Jikei University School of Medicine, 3-25-8 Nishi-shimbashi, Minato-ku, Tokyo 105-8461, Japan
  23. Howard Hughes Medical Institute, Chevy Chase, Maryland 20815, USA
  24. These authors contributed equally to this work.

Correspondence to: Eric S. Lander1,2,5Gad Getz1William R. Sellers8Matthew Meyerson1,3,5 Correspondence and requests for materials should be addressed to E.S.L. (Email: lander@broadinstitute.org), G.G. (Email: gadgetz@broadinstitute.org), W.R.S. (Email: william.sellers@novartis.com) or M.M. (Email: matthew_meyerson@dfci.harvard.edu).

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腫瘍が形成される際にカギとなる役割をもつ遺伝子を発見する強力な方法は、ヒトがんにおいて頻繁に変化がみられるゲノム領域の同定である。本論文では、大部分が26の組織型に属する、3,131個のがんサンプルの体細胞性コピー数変化（SCNA）についての高解像度解析を示す。我々は、いくつかのがん種で有 意に高い頻度で変化がみられる局所的SCNA領域を、158同定した。このうちの122は、これらの領域内に位置する既知のがん標的遺伝子の存在によって 説明できないものである。アポトーシス調節因子である BCL2 ファミリーやNF-κB経路などのいくつかの遺伝子ファミリーが、これらの局所的SCNA領域中に多くみられる。 MCL1 や BCL2L1 の抗アポトーシス遺伝子周辺の増幅がみられるがん細胞の生存は、これらの遺伝子の発現に依存していることがわかった。また、個々の種類のがんで同定されたSCNAの大多数が、複数種のがんに存在することを示す。

（この訳もなんとかならんのかね！はっきり言って金銭のやりとりがあるプロの所作とは思えぬ！）

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