1000 Genomes Projectによる報告その（２）

昨秋（10月28日）1000 Genomes Projectによるその最初(？)の報告があったが、今回CNVに焦点を絞った報告がnatureに出た。ホットスポットが５１カ所あるのだそうだ。ゲノム屋としては、ゲノム構造変化がおこる機序ごとに整理してあるのが興味深い。

1. NAHR :nonallelic homologous recombination,
2. NHR
3. MEIs, mobile element insertions that is, Alu (~300 bp) and L1 (~6 kb) insertions
4. HR: 相同組換え（homologous recombination: HR）
   

欠失、増幅、転座、逆位がどの機序で起こるのかといった具合である。個人的にはこの部分がとても面白かった。

さて、論文のおおざっぱな概要は以下である。

• 1000 Genomes Consortium ゲノム構造変化のカタログ化。
• 200 人分の解析で遺伝子やエクソンの影響を与えるおよそ2000の変化を含む数万個の構造変化を見出した。
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• 「ゲノム構造変化も正確なシークエンスがわかるとこれまで説明できなかった病気の遺伝的要因発見の手がかりとなります」とEMBLのゲノム研究者Jan Korbelは言う。
• 「老齢になってもピンピンしている人もいれば、若くして病気になるヒトもいますがこの研究はこの違いを理解するのに役立つはずです」
• 今回の報告では185人のゲノムにおける構造変化、特に欠失を調べた。すなわち169名の個人ゲノムと6人の親子（母父子２組）
• 28,025構造変化： 22,025個の欠失と6,000個の挿入・縦列増幅が見いだされた
• ゲノム中には構造変化が起こりやすい51カ所のホットスポットがあること（この中には先天性の脳発達異常に関連することが既に知られている変化が含まれていた）

Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing

Harnessing information from whole genome sequencing in 185 individuals, this study generates a high-resolution map of copy number variants. Nucleotide resolution of the map facilitates analysis of structural variant distribution and identification of the mechanisms of their origin. The study provides a resource for sequence-based association studies.

Tobias Rausch, Aylwyn Scally, Xinghua Shi, Michael P. Stromberg, Adrian M. Stütz, Alexander Eckehart Urban, Jerilyn A. Walker, Jiantao Wu, Yujun Zhang, Zhengdong D. Zhang, Mark A. Batzer, Li Ding, Gabor T. Marth, Gil McVean, Jonathan Sebat, Michael Snyder, Jun Wang, Kenny Ye, Evan E. Eichler, Mark B. Gerstein, Matthew E. Hurles, Charles Lee, Steven A. McCarroll, Jan O. Korbel & 1000 Genomes Project

Nature 470, 59–65 (02 February 2011) | doi:10.1038/nature09708