ここで問題です。Eric Landerの総説；中間点で振り返る。

4回ほどEric Landerの総説を紹介してみた。

まだ半分程度しか終わっていないが、ではここで以下の要約を読んで頂こう。
なんとまあスラスラ読めるのではないだろうか？もうすっかりおなじみの遺伝子名がずらずらと登場だ。

Abstract

Genetic changes underlying clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) include alterations in genes controlling cellular oxygen sensing (for example, VHL) and the maintenance of chromatin states (for example, PBRM1). We surveyed more than 400 tumours using different genomic platforms and identified 19 significantly mutated genes. The PI(3)K/AKT pathway was recurrently mutated, suggesting this pathway as a potential therapeutic target. Widespread DNA hypomethylation was associated with mutation of the H3K36 methyltransferase SETD2, and integrative analysis suggested that mutations involving the SWI/SNF chromatin remodelling complex (PBRM1, ARID1A, SMARCA4) could have far-reaching effects on other pathways. Aggressive cancers demonstrated evidence of a metabolic shift, involving downregulation of genes involved in the TCA cycle, decreased AMPK and PTEN protein levels, upregulation of the pentose phosphate pathway and the glutamine transporter genes, increased acetyl-CoA carboxylase protein, and altered promoter methylation of miR-21 (also known as MIR21) and GRB10. Remodelling cellular metabolism thus constitutes a recurrent pattern in ccRCC that correlates with tumour stage and severity and offers new views on the opportunities for disease treatment.


このアブストラクトはいったいどの論文からとられたものなのだろうか？ 先のEric Landerの総説に挙げてある参考文献の一つなのだろうか？

答えは「否」

これはEric Landerの総説から３ヶ月後、昨日(2013/6/23)natureにonline発表されたばかりの最新の腎癌（clear cell carcinoma)のdeep sequencing研究（400症例以上の解析！）のアブストラクトなのである。

どうだろう、いつか見た遺伝子名ばかりではなかろうか？　既視感あふれる、デジャブの塊ではないかい？

この最新の論文に現れる遺伝子名に違和感がないとすれば、癌の遺伝子に関する研究は、少なくともその登場遺伝子については完成の域にに近づいたと考えても良いのではないだろうか？

主役はすでにそろったということなのだろう。あとに続く論文にもこれらの遺伝子が主役として活躍するのだろう。


Nature (2013) 
Received 25 October 2012 
Accepted 24 April 2013 
Published online23 June 2013 

Comprehensive molecular characterization of clear cell renal cell carcinoma 

The Cancer Genome Atlas Research Network