上衣腫と高頻度の融合遺伝子: nature

natureのarticleに融合遺伝子がまたまた報告された。ターゲットは子供の脳腫瘍である上衣腫である。上衣腫は小脳テントを挟んで上部にできるテント上上衣腫とテントより下の後頭蓋窩にできる（あるいは稀に脊髄）に出来るものが知られているそうだが、今回の報告ではテント上上衣腫の3分の２の症例に融合遺伝子C11orf95ーRELAを認めるという。この頻度の高さは中々のものである。

面白いのはこの融合が同一染色体の比較的近いところにある二つの遺伝子がChromothriptisの結果生ずるのだというのだ。

C11orf95

chromosome 11番のopen reading frame (orf) 95と名付けられている遺伝子であり、その名前が示唆するように機能は今ひとつ解明されていない。今回上衣腫で融合遺伝子を作ることが発表される前は、癌との関連では主に肉腫ー脂肪腫関連で融合遺伝子を作ることは報告されていたようだ。

たとえば・・・

Genes Chromosomes Cancer. 2010 September; 49(9): 810–818.

C11orf95-MKL2 is the Resulting Fusion Oncogene of t(11;16)(q13;p13) in Chondroid Lipoma 

Dali Huang, Janos Sumegi, Paola Dal Cin, John D. Reith, Taketoshi Yasuda, Marilu Nelson, David Muirhead, and Julia A. Bridge


RELA 

一方V-Rel Avian Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A　(RELA)は Transcription factor p65 として主として NF-kappa-Bとの関連で知られているようである。文献はかなり多いがEntrezによる解説では以下のようである。

• NF-kappa-B is a ubiquitous transcription factor involved in several biological processes. It is held in the cytoplasm in an inactive state by specific inhibitors. Upon degradation of the inhibitor, NF-kappa-B moves to the nucleus and activates transcription of specific genes. NF-kappa-B is composed of NFKB1 or NFKB2 bound to either REL, RELA, or RELB. The most abundant form of NF-kappa-B is NFKB1 complexed with the product of this gene, RELA. Four transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene。

さて論文である。

Nature(2014)
Receive25 June 2013
Accepted28 January 2014
Published online19 February 2014

Nature | Article

C11orf95–RELA fusions drive oncogenic NF-κB signalling in ependymoma 

Members of the nuclear factor-κB (NF-κB) family of transcriptional regulators are central mediators of the cellular inflammatory response. Although constitutive NF-κB signalling is present in most human tumours, mutations in pathway members are rare, complicating efforts to understand and block aberrant NF-κB activity in cancer. Here we show that more than two-thirds of supratentorial ependymomas contain oncogenic fusions between RELA, the principal effector of canonical NF-κB signalling, and an uncharacterized gene, C11orf95. In each case, C11orf95–RELA fusions resulted from chromothripsis involving chromosome 11q13.1. C11orf95–RELA fusion proteins translocated spontaneously to the nucleus to activate NF-κB target genes, and rapidly transformed neural stem cells—the cell of origin of ependymoma—to form these tumours in mice. Our data identify a highly recurrent genetic alteration of RELA in human cancer, and the C11orf95–RELA fusion protein as a potential therapeutic target in supratentorial ependymoma. 

左側赤色が賑やかなのはテント上、

右側はテント下症例群である。

中段の赤い□が融合遺伝子を認めた症例である。

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これはテント上症例を拡大したもの 

20例(19例？)あるがうち14例に融合イベントを認める。

chromothripsisは9例に認めているようだ。

融合が全て chromothripsisではないようだ。

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C11orf95–RELA以外にも融合イベントは起こっている。そのパートナーは茶色で記されている。

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