個人ゲノムシークエンスで韓国にも抜かれた！Nature Online

Nature advance online publication 8 July 2009 |

A highly annotated whole-genome sequence of a Korean individual

Recent advances in sequencing technologies have initiated an era of personal genome sequences. To date, human genome sequences have been reported for individuals with ancestry in three distinct geographical regions: a Yoruba African, two individuals of northwest European origin, and a person from China^{1, 2, 3, 4}. Here we provide a highly annotated, whole-genome sequence for a Korean individual, known as AK1. The genome of AK1 was determined by an exacting, combined approach that included whole-genome shotgun sequencing (27.8 coverage), targeted bacterial artificial chromosome sequencing, and high-resolution comparative genomic hybridization using custom microarrays featuring more than 24 million probes. Alignment to the NCBI reference, a composite of several ethnic clades^{5, 6}, disclosed nearly 3.45 million single nucleotide polymorphisms (SNPs), including 10,162 non-synonymous SNPs, and 170,202 deletion or insertion polymorphisms (indels). SNP and indel densities were strongly correlated genome-wide. Applying very conservative criteria yielded highly reliable copy number variants for clinical considerations. Potential medical phenotypes were annotated for non-synonymous SNPs, coding domain indels, and structural variants. The integration of several human whole-genome sequences derived from several ethnic groups will assist in understanding genetic ancestry, migration patterns and population bottlenecks.

ポストヒューマンゲノムプロジェクトの大きな課題の一つは、個人のゲノム解析、特にwhole genome sequenceであった。私個人としても日本人のゲノムには大変な関心があり、1995年以来15年に渡ってゲノムの世界にはどっぷりつかってきた。どちらかといえば臨床サイドであるから、疾患関連ゲノム解析が主なテーマであるが、それでも人種別の全ゲノム構造がわからないことには日本人の疾患感受性を知ることはできないと常々感じている。ここ数年で日本人に関係するゲノムの新知見としては例えば長崎大学の耳垢の素晴らしい仕事や、染色体一番のアミラーゼ遺伝子のコピー数の興味深い仕事が印象に残る。前者では東北部アジア人種の微妙な遺伝背景の違いが浮かび上がったし、後者ではシベリア北部のヤップ人と日本人のゲノム構造がとことん似ていることを示した後、アミラーゼコピー数だけが極端に違うことを見せてくれ、これはどう考えても海産肉食を主とするヤップ人と米を主食としてきた日本人の間のゲノム選択の結果であるとしか考えられないのだ。日本人は世界の人種の中では飛び抜けてアミラーゼ遺伝子コピー数が多い。Fiber FISH で示されたデータの一つではディプロイドで6本＋8本合計14本のコピーが延々とタンデムにつながっていた。もちろんpseudogeneではない。生きているのだ。

「用不用説」：現代にラマルクが甦ったかのようなデータで愉快でしょうがなかった。

ことほどさように、ゲノム研究は私たちの予想を実証してくれるし、時に驚きを持って覆してくれる。面白くてしょうがない。

今週号のNatureでは「ある1人の韓国人」の全ゲノムシークエンスの結果が報告された。あっという間に読んでしまったぞ！面白かった。これで5人目である。ベンター、ワトソン、あるアフリカ人、ある中国人の4人に続く研究成果である。

明日から詳細にメモを記すとしよう。