サンガーから癌の遺伝子変異シグニチャー + ‘kataegis’の二報目：nature

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　2013年5月31日金曜日

がんゲノム研究から学んだこと（２）：Cell 誌　Eric Landerの総説

Cell 誌　Eric Landerの総説がん：ゲノム研究から学んだことからその（２）である。
今回はがんの突然変異概観の項である。
前にも触れたchromothripsis、micronuclei、chromoplexyが概説されるのはこの項目である。
’kataegis’という新しい現象についても紹介がある。

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エリック・ランダーの総説にも登場するが、

1. 各種がんにおける変異頻度の違い
2. APOBEC遺伝子ファミリー変異とがん
3. 局所的に集中的に変異が起こる場所があること----‘kataegis’

これは昨年のCellの乳癌の論文で初めて登場したのだが、これを各種がんに敷衍した論文がnatureに登場した。
英国サンガーからMichael R. Strattonらの報告である。



Nature

500,415–421 22 August 2013
Received 24 March 2013
Accepted 19 July 2013
Published online 14 August 2013

Signatures of mutational processes in human cancer

 

Ludmil B. Alexandrov, Serena Nik-Zainal, and others（我が国の国立がん研究所の先生方も４人いる。頑張っているな。)

All cancers are caused by somatic mutations; however, understanding of the biological processes generating these mutations is limited. The catalogue of somatic mutations from a cancer genome bears the signatures of the mutational processes that have been operative. Here we analysed 4,938,362 mutations from 7,042 cancers and extracted more than 20 distinct mutational signatures. Some are present in many cancer types, notably a signature attributed to the APOBEC family of cytidine deaminases, whereas others are confined to a single cancer class. Certain signatures are associated with age of the patient at cancer diagnosis, known mutagenic exposures or defects in DNA maintenance, but many are of cryptic origin. In addition to these genome-wide mutational signatures, hypermutation localized to small genomic regions, ‘kataegis’, is found in many cancer types. The results reveal the diversity of mutational processes underlying the development of cancer, with potential implications for understanding of cancer aetiology, prevention and therapy.

これはもうすっかり有名になった各種がんの変異頻度である。メラノーマと肺癌が頻度が高く、小児がんが低い。

この論文では変異パターンを21種類（＋α）にして、各種癌を類別しようとしている。この分類の正当性と臨床的意義が今後問われるところであろう。