The complete map of the Germany E. coli O104 genome released
BGI releases the complete map of the Germany E. coli O104 genome and attributed the strain as a category of Shiga toxin-producing enteroaggregative Escherichia coli (STpEAEC)
http://www.eurekalert.org/pub_releases/2011-06/bgi-tcm061611.php詳しいことはよくわからないが、原因菌は二つのハイブリッド大腸菌になっているようだ。水平伝搬(horizontal transfer)というやつだ。
ゲノムの生データが必要な場合はここにある。strainとしてはE. coli O104 H112180280という株である。
- 2010年のハイチのコレラにおけるpacific biosciences社のシークエンサーによる迅速な菌株決定
The Origin of the Haitian Cholera Outbreak Strain
Chen-Shan Chin, Ph.D., Jon Sorenson, Ph.D., Jason B. Harris, M.D., William P. Robins, Ph.D., Richelle C. Charles, M.D., Roger R. Jean-Charles, M.D., James Bullard, Ph.D., Dale R. Webster, Ph.D., Andrew Kasarskis, Ph.D., Paul Peluso, Ph.D., Ellen E. Paxinos, Ph.D., Yoshiharu Yamaichi, Ph.D., Stephen B. Calderwood, M.D., John J. Mekalanos, Ph.D., Eric E. Schadt, Ph.D., and Matthew K. Waldor, M.D., Ph.D.
N Engl J Med 2011; 364:33-42 January 6, 2011 - 2011年のドイツのE. coli O104における今回のシークエンス
今後感染症のepidemic ( or pandemic)の場合、全ゲノムシークエンスが第一義的に重要視されることになるであろう。エポックな出来事が続いたと見るべきだろう。感慨深い。
それにしても、ドイツの食中毒が中国で解析されるのだ・・・・時代の推移・趨勢を感じますな。
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