ヘテロクロマチンと癌と「ヘリコス」

ヘテロクロマチンと癌の研究がすすんでいるかどうかよく知らないが、以下のような報告がサイエンスに出ている。ゲノム研究で暗黒大陸と呼ばれていた（ホントカ？）のがセントロメア近傍とテロメア近傍である。ほとんど発現遺伝子がない（ことになっている）から興味を持たれなかったという歴史的背景がまずある。ついで技術的に解析が極めて困難であったことがある。その理由は反復配列が極端に多いからである。反復配列が多いと、クローン化もシークエンスも難しいのである。シークエンスした断片がどこに存在していたか決めるのがこれまた難しい。FISHなどの一番適確で異論の少ない検出方法が難しいこともある。取れてくる断片、断片が極めて似ているからend-sequence alignmentが極めて困難である。今その技術的障壁が克服されているのか興味が無いわけではないが、著者の一部が「ヘリコス」であることから技術的なbreakthroughが論文中に提出されている可能性はあるかもしれない。シークエンス技術に関してはヘリコスの評価は必ずしも高いものではなかったようであるので、この論文でヘリコスがどのような貢献を果たしているのかは興味深い。

Published Online 13 January 2011
Science Express Index
Report

Aberrant Overexpression of Satellite Repeats in Pancreatic and Other Epithelial Cancers

David T. Ting1,*,Doron Lipson2,*,Suchismita Paul1,Brian W. Brannigan1 , Sara Akhavanfard1,Erik J. Coffman1,Gianmarco Contino1,Vikram Deshpande1,A. John Iafrate1,Stan Letovsky2, Miguel N. Rivera1, Nabeel Bardeesy1, Shyamala Maheswaran1 and Daniel A. Haber1,3,†

1.Massachusetts General Hospital Cancer Center and Departments of Medicine, Pathology and Surgery, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA. 2.Helicos BioSciences Corporation, One Kendall Square, Cambridge, MA 02139, USA.3.Howard Hughes Medical Institute.

Abstract

Satellite repeats in heterochromatin are transcribed into noncoding RNAs that have been linked to gene silencing and maintenance of chromosomal integrity. Using digital gene expression analysis, we show that these transcripts are greatly overexpressed in mouse and human epithelial cancers. In 8 of 10 mouse pancreatic ductal adenocarcinomas (PDAC), pericentromeric satellites accounted for a mean 12% (range 1 to 50%) of all cellular transcripts, a mean 40-fold increase over normal tissue. In 15/15 human PDACs, alpha satellite transcripts were most abundant and HSATII transcripts were highly specific for cancer. Similar patterns were observed in cancers of lung, kidney, ovary, colon, and prostate. Derepression of satellite transcripts correlated with overexpression of the LINE-1 retrotransposon and with aberrant expression of neuroendocrine-associated genes proximal to LINE-1 insertions. The overexpression of satellite transcripts in cancer may reflect global alterations in heterochromatin silencing and could potentially be useful as a biomarker for cancer detection.

* Received for publication 28 September 2010.
* Accepted for publication 4 January 2011.