Youtubeの児玉教授の渾身の演説が削除されている

噂には聞いていたが、この国でも情報統制が本当に行われているのだね。あるいはと思っていたけれど、今朝まで掲載されていた児玉教授のあの渾身の演説が綺麗さっぱり削除されている。削除されるかもしれないなと若干の危惧はしていたが、こんなにあからさまに消すとはね。

それくらい核心を突いた答弁だったということなのだろう。おそらくコピーはネット上の至る所に存在するはずなので、再び拝聴することは可能となろうが、児玉先生は今朝も書いたように「学者生命」をかけられた。小生は今後の児玉先生が心配であるが、いかなる事があろうとも断固支持することを断言したい。マスコミは全面的に児玉氏を支えてほしい。

それにしても、いやなムードである。噂でしかないと思っていたが、これはひどい。

2011.07.27 国の原発対応に満身の怒り - 児玉龍彦の国会答弁

東京大学の児玉龍彦教授による2011年7月27日 (水) 衆議院厚生労働委員会「放射線の健康への影響」参考人説明より
児玉龍彦(参考人 東京大学先端科学技術研究センター教授 東京大学アイソトープ総合センター長)
児玉さんといえば「スカベンジャー受容体」を発見遺伝子単離した研究者として小生の記憶に残る方である。この単離物語は当時の朝日新聞にも取り上げられたため印象に残っている。留学中にはついに発見できず、帰国の際の飛行機の中で最後のシークエンスゲルをなかば諦めながら読んでいたところ、そこに求めていた遺伝子があったという劇的なエピソードである。成田に到着後、直ちにアメリカに引き返し仕事を仕上げたのだった。その当時（1980年代）体内の不要物に注目した研究などあまりやられていなかったと思う。これは体内の「掃除屋さん」を際だたせた最初の報告だったかもしれない。scavengeという単語も今ほど知られていなかった。

1 腐肉を食う動物（コンドルジャッカルなど）.
2 ごみをあさる人；清掃具；｟主に英｠街路掃除人

こんな感じ。動脈硬化が血管内皮ー中膜の掃除不全（コレステロールや脂肪成分が貯まるのは、掃除が行き届かないなから）から起こるというのがこの研究の基本にある考えだ。今となってはとてもよくわかるお話しだが、当時は最先端すぎてついて行けなかったなぁ。せいぜい発見のエピソードに感激して「最後の最後まであきらめたらいけないのだ」と肝に銘じた覚えが残る。

小生にとっては児玉先生は以上のような方である。分野が違いすぎて一度も講演などをお聞きしたこともないし、その後の経緯（東大教授になられたこと）もしらない。

この「渾身の国会参考人説明」には驚いた。学者生命をかけた論説かもしれないと思わせるくらい鬼気迫るものがあります。これは引用しなくてはいけないと思った次第である。

頭頸部がんの並行シークエンスによる遺伝子突然変異解析が２報：サイエンス

頭頸部がんの並行シークエンスによる遺伝子突然変異解析が２報：７４例と３２例のExome解析である。Notch 1が新たに脚光を浴びることになる。

Science
Published online 28 July 2011

The Mutational Landscape of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma

Nicolas Stransky, Ann Marie Egloff, Aaron D. Tward, Aleksandar D. Kostic, Kristian Cibulskis, Andrey Sivachenko, Gregory V. Kryukov, Michael Lawrence, Carrie Sougnez, Aaron McKenna, Erica Shefler, Alex H. Ramos, Petar Stojanov, Scott L. Carter, Douglas Voet, Maria L Cortés, Daniel Auclair, Michael F. Berger, Gordon Saksena, Candace Guiducci, Robert Onofrio, Melissa Parkin, Marjorie Romkes, Joel L. Weissfeld, Raja R. Seethala, Lin Wang, Claudia Rangel-Escareño, Juan Carlos Fernandez-Lopez, Alfredo Hidalgo-Miranda, Jorge Melendez-Zajgla, Wendy Winckler, Kristin Ardlie, Stacey B. Gabriel, Matthew Meyerson, Eric S. Lander, Gad Getz, Todd R. Golub, Levi A. Garraway, and Jennifer R. Grandis

施設はHarvard Medical SchoolとUniversity of Pittsburgh等々

Abstract

Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is a common, morbid, and frequently lethal malignancy. To uncover its mutational spectrum, we analyzed whole-exome sequencing data from 74 tumor-normal pairs. The majority exhibited a mutational profile consistent with tobacco exposure; human papilloma virus was detectable by sequencing of DNA from infected tumors. In addition to identifying previously known HNSCC genes (TP53, CDKN2A, PTEN, PIK3CA, and HRAS), the analysis revealed many genes not previously implicated in this malignancy. At least 30% of cases harbored mutations in genes that regulate squamous differentiation (e.g., NOTCH1, IRF6, and TP63), implicating its dysregulation as a major driver of HNSCC carcinogenesis. More generally, the results indicate the ability of large-scale sequencing to reveal fundamental tumorigenic mechanisms.

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Science
Published online 28 July 2011

Exome Sequencing of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Reveals Inactivating Mutations in NOTCH1

Nishant Agrawal, Mitchell J. Frederick, Curtis R. Pickering, Chetan Bettegowda, Kyle Chang, Ryan J. Li, Carole Fakhry, Tong-Xin Xie, Jiexin Zhang, Jing Wang, Nianxiang Zhang, Adel K. El-Naggar, Samar A. Jasser, John N. Weinstein, Lisa Treviño, Jennifer A. Drummond, Donna M. Muzny, Yuanqing Wu, Laura D. Wood, Ralph H. Hruban, William H. Westra, Wayne M. Koch, Joseph A. Califano, Richard A. Gibbs, David Sidransky, Bert Vogelstein, Victor E. Velculescu, Nickolas Papadopoulos, David A. Wheeler, Kenneth W. Kinzler, and Jeffrey N. Myers

施設はJohns Hopkins Universityが主

Abstract

Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the sixth most common cancer worldwide. To explore the genetic origins of this cancer, we used whole-exome sequencing and gene copy number analyses to study 32 primary tumors. Tumors from patients with a history of tobacco use had more mutations than did tumors from patients who did not use tobacco, and tumors that were negative for human papilloma virus (HPV) had more mutations than did HPV-positive tumors. Six of the genes that were mutated in multiple tumors were assessed in up to 88 additional HNSCCs. In addition to previously described mutations in

TP53, CDKN2A, PIK3CA and HRAS, we identified mutations in FBXW7 and NOTCH1. Interestingly, nearly 40% of the 28 mutations identified in NOTCH1 were predicted to truncate the gene product, suggesting that NOTCH1 may function as a tumor suppressor gene rather than an oncogene in this tumor type.

死戦期の喘鳴：点滴撤収時期の対処法

【静注ラインがあるとき：持続静注で】

• ハイスコ8mL＝8A＋生食40mL、ポンプにて持続静注（メインルートに持続点滴が流れていることを確認）最小量から開始して増量するとき：0.5mL/時間で開始効果不十分な時ベースアップ：1時間ごと0.5mL/時間（ハイスコ2A/日）→1→1.5→2→2.5mL/時間（ハイスコ10A/日になります）初期ローディングするとき：3mL/時で開始（1時間でハイスコ0.5Aが入ります）落ち着いたら0.5mL/時間へ落とす

【静注ラインがないとき：持続皮下注で】

• ハイスコ10mL=10A、ポンプにて持続皮下注最小量から開始して増量するとき：0.1mL/時間で開始効果不十分な時ベースアップ：1時間ごと0.1mL/時間（ハイスコ2.5A/日）→0.15→0.2→0.3→0.4mL/時間（ハイスコ10A/日になります）初期ローディングするとき：ハイスコ原液0.5mL/時で開始（1時間でハイスコ0.5Aが入ります）落ち着いたら0.1mL/時間へ落とす

■鎮静が必要なとき
【静注ラインがあるとき：持続静注で】

• ハイスコ8mL＝8A＋ドルミカム12mL＝6A＋生食28mL、ポンプにて持続静注
  最小量から開始して増量するとき：0.5mL/時間で開始
  効果不十分な時ベースアップ：1時間ごと0.5mL/時間（ハイスコ2A/日＋ドルミカム1.5A/日）→1→1.5→2→2.5mL/時間（ハイスコ10A/日＋ドルミカム7.5A/日）
  初期ローディングするとき：2.5mL/時間で開始（1時間でハイスコ0.4A＋ドルミカム0.3Aが入ります）落ち着いたら0.5mL/時間
  

聖隷三方原病院緩和支持治療科　症状緩和ガイド

滋賀大学：痛みと鎮痛の基礎知識

この二つのHPは優れものである。

エレファントマンの責任遺伝子：AKT1 (NEJM)

エレファントマンのことを正式にはProteus Syndromeという・・という記事を最近読んだところだったので私的にはタイムリーなニュースである。この病気の責任遺伝子がAKT1 の突然変異であること。この病気はモザイクであることなどがNEJMに報告されている。（今ならpdfはフリーでdownloadできる）

A Mosaic Activating Mutation in AKT1 Associated with the Proteus Syndrome

Marjorie J. Lindhurst, Ph.D., Julie C. Sapp, Sc.M., Jamie K. Teer, Ph.D., Jennifer J. Johnston, Ph.D., Erin M. Finn, B.A., Kathryn Peters, M.S., Joyce Turner, M.S., Jennifer L. Cannons, Ph.D., David Bick, M.D., Laurel Blakemore, M.D., Catherine Blumhorst, M.S.N., Knut Brockmann, M.D., Peter Calder, M.B., B.S., Natasha Cherman, Ph.D., Matthew A. Deardorff, M.D., Ph.D., David B. Everman, M.D., Gretchen Golas, M.S., Robert M. Greenstein, M.D., B. Maya Kato, M.D., Kim M. Keppler-Noreuil, M.D., Sergei A. Kuznetsov, Ph.D., Richard T. Miyamoto, M.D., Kurt Newman, M.D., David Ng, M.D., Kevin O'Brien, M.S., Steven Rothenberg, M.D., Douglas J. Schwartzentruber, M.D., Virender Singhal, M.D., M.B.A., Roberto Tirabosco, M.D., Joseph Upton, M.D., Shlomo Wientroub, M.D., Elaine H. Zackai, M.D., Kimberly Hoag, Tracey Whitewood-Neal, Pamela G. Robey, Ph.D., Pamela L. Schwartzberg, M.D., Ph.D., Thomas N. Darling, M.D., Ph.D., Laura L. Tosi, M.D., James C. Mullikin, Ph.D., and Leslie G. Biesecker, M.D.

July 27, 2011 (10.1056/NEJMoa1104017)

Background

The Proteus syndrome is characterized by the overgrowth of skin, connective tissue, brain, and other tissues. It has been hypothesized that the syndrome is caused by somatic mosaicism for a mutation that is lethal in the nonmosaic state.

Methods

We performed exome sequencing of DNA from biopsy samples obtained from patients with the Proteus syndrome and compared the resultant DNA sequences with those of unaffected tissues obtained from the same patients. We confirmed and extended an observed association, using a custom restriction-enzyme assay to analyze the DNA in 158 samples from 29 patients with the Proteus syndrome. We then assayed activation of the AKT protein in affected tissues, using phosphorylation-specific antibodies on Western blots.

Results

Of 29 patients with the Proteus syndrome, 26 had a somatic activating mutation (c.49G→A, p.Glu17Lys) in the oncogene AKT1, encoding the AKT1 kinase, an enzyme known to mediate processes such as cell proliferation and apoptosis. Tissues and cell lines from patients with the Proteus syndrome harbored admixtures of mutant alleles that ranged from 1% to approximately 50%. Mutant cell lines showed greater AKT phosphorylation than did control cell lines. A pair of single-cell clones that were established from the same starting culture and differed with respect to their mutation status had different levels of AKT phosphorylation.

Conclusions

The Proteus syndrome is caused by a somatic activating mutation in AKT1, proving the hypothesis of somatic mosaicism and implicating activation of the PI3K–AKT pathway in the characteristic clinical findings of overgrowth and tumor susceptibility in this disorder. (Funded by the Intramural Research Program of the National Human Genome Research Institute.)

帯状疱疹の覚え書き

東京女子医大　皮膚科　川島教授の講義

1. 三叉神経第一枝の帯状疱疹は重症化しやすい
   
2. 鼻の先端に丘皮疹が見られたら必ず眼症状がある。眼科と連携せよ。Hutchinson sign
   
   

これで何がいえるか？　ptosisが分かるか？　鼻先端の小さな皮疹に気がつくか？　　実際症状が完成した状態、すなわち、眼の周りが腫れまくって眼裂が見えず（この程度はよく見ます）更に皮疹が鼻に伸びているような重症状態で気がつきなさいと川島教授は言っているのではない。この写真のような軽微な状態で気がつきなさいと言っているのだ。




Neurology April 13, 2010 vol. 74 no. 15 e65
Teaching NeuroImages: Herpes zoster ophthalmicus–related oculomotor palsy accompanied by Hutchinson sign

Gayatri S. Reilly, MD and
Robert K. Shin, MD



3. 耳介に丘皮疹が見られたら顔面神経麻痺を恐れよ。 RHS: Ramsay Hunt症候群
4. 顔面神経麻痺が先行する場合（これは難しい）を見落とすな！　耳(耳介）の軽微な徴候を見逃すな
5. 口腔蓋も半側のみ。陰唇も半側のみ。
6. 陰部帯状疱疹による尿閉を見落とすな。
7. 重症度は系時的に日を追って診察しないと判断できない
8. 抗ウイルス薬で気をつけるのは腎機能低下の患者：クレアチニンクリアランスに応じて減量
9. 特にNSAIDsの併用は腎機能の悪化を促進する可能性があるので要注意
10. 抗ウイルス薬の脳症・腎症：急な嘔気・乏尿に気をつける
11. 抗ウイルス薬は皮疹出現から3日目以内に投与するべき。せいぜい５日までに開始されない場合は意味がない。
12. 全身投与すれば、抗ウイルス薬の外用は不要（何か塗りたいならワセリンで十分とのこと）
    
13. 痛み止めはアセトアミノフェンがよいと皮膚科はいう
14. PHN：３ヶ月以上残存している場合を言う。疼痛、異常知覚、違和感
15. 帯状疱疹後一年経過後に神経症状を有する患者は15%
16. PHN：三環系抗うつ薬が一番よく効くようだ、あとリリカ（ガバペンチン）

腰椎圧迫骨折にセメント注入は無効？

圧迫骨折で入院してくるヒトは後を絶たないが、時々聞かれるのはセメントのことだ。テレビでは一時効果が華々しく報じられたから。

・・・・・脊椎圧迫骨折患者209人を対象とした椎体形成術に関する2件の無作為化プラセボ対照試験のデータを用いて、疼痛に対する同手術の有効性をメタアナリシスで検討。発症後6週間以内または重度の疼痛（10点評価で8点以上）の両サブグループとも、1カ月時の疼痛および身体障害の各スコアの平均変化に、介入群と対照群で大きな差は見られなかった。・・・・

との報告である。余り期待しないほうがよいということかもしれないが、とても残念である。残念だ。

BMJ 2011; 343:d3952 doi: 10.1136/bmj.d3952 (Published 12 July 2011)

Cite this as: BMJ 2011; 343:d3952

Effectiveness of vertebroplasty using individual patient data from two randomised placebo controlled trials: meta-analysis

OPEN ACC

1. Margaret P Staples, biostatistician1,
2. David F Kallmes, professor2,
3. Bryan A Comstock, operations director3,
4. Jeffrey G Jarvik, professor of radiology and neurological surgery and director4,
5. Richard H Osborne, professor of public health and director5,
6. Patrick J Heagerty, professor6,
7. Rachelle Buchbinder, director and professor1

Abstract

Objective To determine whether vertebroplasty is more effective than placebo for patients with pain of recent onset (≤6 weeks) or severe pain (score ≥8 on 0-10 numerical rating scale).

Design Meta-analysis of combined individual patient level data.

Setting Two multicentred randomised controlled trials of vertebroplasty; one based in Australia, the other in the United States.

Participants 209 participants (Australian trial n=78, US trial n=131) with at least one radiographically confirmed vertebral compression fracture. 57 (27%) participants had pain of recent onset (vertebroplasty n=25, placebo n=32) and 99 (47%) had severe pain at baseline (vertebroplasty n=50, placebo n=49).

Intervention Percutaneous vertebroplasty versus a placebo procedure.

Main outcome measure Scores for pain (0-10 scale) and function (modified, 23 item Roland-Morris disability questionnaire) at one month.

Results For participants with pain of recent onset, between group differences in mean change scores at one month for pain and disability were 0.1 (95% confidence interval −1.4 to 1.6) and 0.2 (−3.0 to 3.4), respectively. For participants with severe pain at baseline, between group differences for pain and disability scores at one month were 0.3 (−0.8 to 1.5) and 1.4 (−1.2 to 3.9), respectively. At one month those in the vertebroplasty group were more likely to be using opioids.

Conclusions Individual patient data meta-analysis from two blinded trials of vertebroplasty, powered for subgroup analyses, failed to show an advantage of vertebroplasty over placebo for participants with recent onset fracture or severe pain. These results do not support the hypothesis that selected subgroups would benefit from vertebroplasty.

新型シークエンサーが発表されたよ：Ion Torrentとムーアの法則(Nature)

ムーアの法則をご存知だろうか？最も有名な公式は、集積回路上のトランジスタ数は「18ヶ月ごとに倍になる」というものである。

式で表現すれば、n年後の倍率 p は、

p = 2^{n / 1.5}

したがって、5年後には10.08倍、20年後には10 321.3倍となる。

1970年代の終わりには、ムーアの法則は最も複雑なチップ上のトランジスタ数の限界として知られるようになった。しかしながら、1チップあたりのコストに対するコンピューティングパワーをどんどん進化させ続けるものとしても、ムーアの法則は引用されるようになった。

以上はWikipediaの受け売りである。ムーアという研究者はいまでこそインテルの創始者として有名だが、それ以前もフェアチャイルド社でノイスらとともに黎明期の半導体さらにはコンピュータチップの開発を進めてきたことで知られる。個人的には嶋正利さんとの関わりに興味がある。このあたりはテレビドキュメントも書物もたくさんあるのだが、嶋さんは一般的にはもう名前が忘れられかけている研究者かもしれないのが残念だ。生物の分野で例えると、逆転写酵素でノーベル賞を受賞したテミン　ボルチモアの影に隠れた真のRT単離者（という言葉を使おう）水谷哲博士のような存在であるな。

話がずれたので元に戻すが、最新のシークエンサーがLife Technologyから発表された。このシークエンサーはほとんど半導体のようなものであるが、その能力を証明するのに3細菌ゲノム(計5つ)のre-sequenceを行い、更にある個人のパーソナルシークエンスを行っている。ここで選ばれたのがゴードン・ムーアのゲノムだったわけだ。

半導体技術はここまでのことを可能にしたという意味では象徴的であるが、メディア劇としても面白い。

Nature 475,348–352

(21 July 2011) Received 08 March 2011,
Accepted 26 May 2011,
Published online 20 July 2011,
Corrected online 21 July 2011

遺伝学：非光学的なゲノム塩基配列解読を可能にする半導体集積デバイス
An integrated semiconductor device enabling non-optical genome sequencing

Jonathan M. Rothberg,
Wolfgang Hinz,
Todd M. Rearick, et al

• DNA塩基配列の解読が生命科学、バイオテクノロジーおよび医学に及ぼす影響の重大性はさらに拡大すると思われることから、さらに拡張性が高くコストも低 い解析法の探求が活発に進められている。今回我々は、拡張性が高く低コストの半導体製造技術を用いて、ゲノムDNA塩基配列解読を非光学的に直接実行でき る集積回路を作製するというDNAシーケンシング技術について報告する。塩基配列データは、この大規模並列処理半導体検出デバイス（イオンチップ）上で、 すべて天然のヌクレオチドを用いたDNAポリメラーゼによる鋳型指示合成反応で生成したイオンを直接検出することによって得られる。このイオンチップに は、120万個のウェルと完全に対応する形で、イオン感受性電界効果トランジスタを使ったセンサーが封入されており、ウェルが閉じ込め役となって、独立し た塩基配列解読反応の並列同時検出が可能である。集積回路構築に最も広く用いられている技術の相補型金属酸化膜半導体（CMOS）過程を用いることで、こ のデバイスの低コスト化、大規模製造の実現、より高密度で大きなアレイサイズへの拡張が可能となる。我々は、3種類の細菌ゲノムの塩基配列解読を行ってこ の装置の性能を示す。また、センサーの数を最大10倍まで増やしたイオンチップを作製してヒトゲノムの塩基配列解読を行い、この技術のロバスト性および拡 張性も示している。

なんのこっちゃわからんでしょうか？　　解説すると以下の通りだ。

1. 簡単にいえば１０００　x１０００個の孔を半導体アレイの上に穿ちます。この半導体は多層構造になっていて電気変化を読み取れます。このあたりが半導体であり、これまでのような光学的システムではないのだな。これで１００万個の素子が出来る。
   
   
2. ここに遺伝子DNAをばらまく。ただバラまいただけでは、孔に入るかどうかわからん。一個の孔に２個以上入ったらどうするの？　　そのために直径2umのアクリドアミルの球体が登場する。DNAを裁断したのちDNAポリメラーゼとともにこのゲル球体のなかにDNAを一本（ここはおそらく確率的にポアソン分布的に）封じ込めるのだ。その球体をアレイの上にぶちまけます。そうすると普通はこれまたポアソン分布的に１００万個の孔にDNAゲル球体が転がって入る。いわずもがなであるが、以上の作業は液相で行われる。
   
   
3. AGTCを順繰りに流していく。取り込まれるとHイオンが発生するが、この電位を測定するのだ。Aが流れたとき発生すれば、そこにはTがあったというようにシークエンスする。一塩基読むのに約４秒かかるという（半導体のくせに遅いな！）
   
   
4. これを測定していけば同時に１００万リード（１００万本のDNA)が測定できることになる。
   
   
5. 実際の効率は20~40%ということだ。これどういうことかというと、簡単に言えば１００万個の孔のうちきちんとDNAが１コピー入ってデータが取れた孔の割合のことだ。二本以上のDNAはX。ある長さ以上読めなければX。もちろんDNA１コピーをきちんと孔に入れようとすればポアソン的にDNA溶液濃度を低く押さえなくてはいけないだろうから、当然空の孔も多いはずなのだが、それにしては効率が良いな。
   
   
6. 大腸菌のre-sequenseなら一枚のチップで終了のようだ。ヒトの（つまりインテルの会長のゲノム）ではこのチップが約2000枚必要だったとのことだ。(10 xで読んでいる。）coverageは99.21%である。
   
   
7. 集積度は更に上げられるとのことだ。現にこの論文のムーア会長ゲノムシークエンスの一部は１０００万チップ（？）で行われている。
   
   
8. この集積度の向上はおそらく「１８ヶ月で２倍」なんていうものではないだろう。もっと高速だろうな。次なる法則はネオ・ムーアの法則なのかしらね。

というわけで、なかなか味のある、けれんみたっぷりのNatrue Articleでした。Nature劇場だね。パチ！パチ！パチ！

更に興味の有る方はIon Torrentのホームページへどうぞ！

ザンクト・ガレン乳癌カンファレンス2011

ザンクト・ガレンとは乳癌治療の世界的なコンセンサスを作るという目的で2年に一度開かれるミーティングである。上は今年12回目のHPである。

この会合は極めて有名であるが、臨床家として気を付けておくべき事はこの会で討議される主題はあくまでも「早期乳癌の初期治療」であることである。

以前小生はこの会合のことを無視は出来ないが、個人的には好まないと書いたことがある。その理由の一つは、「あまりに移り身が速すぎる」からである。速すぎてついて行けない・・・・ついて行かなければいけないのか、やや疑問でもあるしね。

さて、今回2011年のトピックは乳癌の分類であろう。分類に関する今回のコンセンサスは以前にもましてドラスティックに変わった。もう腫瘍径やリンパ節転移の程度は前面には出てこなくなったのだ。今回の目玉は簡単に言えば乳癌診療のスタートを例の「遺伝子発現プロフィル分類」もどきに分類することから始めようという提言である。luminal A、BやHER2 richあるいはBasal-likeといった分類である。

小生はSorlieやPerouの分子分類には初期から馴染みがあり、ザンクトガレンを初めとする乳癌の世界で現在言われているluminal AやBasl-likeが本来の定義からはずれたものであると再三指摘しているが、不思議なもので学会ではそんなことはどうでもいいみたいだ。

議論の出発点なのに言葉の定義が実にいい加減である。こんなことでは近い将来Oncotypeに代表される診断体系が日本の臨床に導入された時、きっとまた混乱が生ずる。




表はダブルクリックで拡大します

この混乱を防ぐにために日本の乳癌専門家が意識しておくことはただ一つ。サンクトガレン2011をまとめたAnnals of Oncologyの表を忠実に覚えておくことである。（clinico-pathological subgroupにはまったく別の名前を付けておけばよかったのだ。特にluminalについて。これはカナダのNielsenあたりに責任がありそうだな。）

1. intrinsic subtypeという言葉を使いたいときはアレイデータでやりなさい。
2. 免染で診断するときは'　　'をつけなさい。'luminal-A'というように。
3. 通常は決してBasal-like という分類は用いないこと。（アレイデータがあるなら別）　triple negativeで我慢すること。

この表とは以下のようなものだが、そこは注意深い西洋人である。きちんと区別しているではないか。しかしこれが上手く伝わっていないのだな。意識しないで誤用すると４〜5年先にはきっと第二の混乱が起こってくる。学会会場の議論の中で「貴方のluminal-Bと私のluminal-Bはどうも違っているような気がする。どのように分類したのですか？」というような無用の議論で混乱しないようにね。

'luminal-A'→日本語訳ではluminal-Aもどき。あるいはluminal-A相当などという癖をつけておいてくださいね、皆様。



表はダブルクリックで拡大します

そして治療方針である。luminal Aはホルモン単独。おっと'luminal-A'だった。この'luminal-A'という診断をつけるのに今度からはki-67を染めなければならないという。しかも量的評価を病理にお願いしなくてはいけない。なんでも15%が閾値だそうだ。ER(+)/PgR(-)/HER2(-)でki-67が20%染まっていれば細胞増殖能の盛んなluminal-Bおっとまた間違えた'luminal-B'と診断されるのだ。

それはそうとしてKi-67のQuality controlが大変だな。そんな時はNuclear Gradeで代用可能と併記されているが、そんなんでいいのか？

表はダブルクリックで拡大します

日本乳癌学会の治療ガイドラインというのがあり、これはザンクトガレン2009も参考にされた治療方針が掲載されている。そこでは乳癌を分類するにあたり解剖学的要素が重視されている。大きさ。リンパ節転移の数。細かなことを言えば腫瘍周辺の腫瘍血管のありよう等々。

これからすると2011の分類は薬物治療の原点とはいえ、大幅な改革提言である。いや薬物治療の原点ではない。これは乳癌治療のスタートとしての提言なんだろう。

外科医としての感想。いまや乳癌は外科疾患ではなくなったようだ。なくなったかのように見える。いまや乳癌に関する発言で目立つのは腫瘍内科医であり、診断放射線医であり、患者団体であり、ピンクリボンである。おとなしいのは組織病理医であり、そして外科医かも。

でも外科医がこれまで一番多く乳癌をみてきたのは間違いないのだ。学問の最先端がいきなり臨床部門に飛び込んでくる現実に戸惑いがあることはよくわかるが、分子分類とかいわれている分類も測定法が簡便な旧来の方法である限り看板が立派に見えるだけ。おそれることはない。しっかりとした勉強家に長い目で見た知識を教えてもらうことだ。日本の最先端を自認する人々でも「2009年はこの治療方針でほぼ100％のコンセンサスだったのになあ」との感想を2011年のザンクトガレンに出席して嘆息している。最先端とはそんなものなのだ。そんなもので実地臨床を荒らされたくないよな。

「アタシの癌は'luminal-A'のはずなのにどうして化学療法が追加されるのですか？」という問いに答えなければならない外科医が今の外科医である。

あるいは別の患者さんに「あなたの癌はいわゆるトリプルネガティブというタイプで・・・」というと患者さんはネットでそのことをよく知っているという時代だ。

乳癌は今後どうなっていくのだろう？

むずむず脚症候群のこと

不眠の原因として無視できないのがむずむず脚であるとの講演を最近拝聴した。むずむず脚の診断を含めて不眠の原因を探るのにはビデオ撮影が良いのだそうだ。いろいろな病態が画像に現れる。病名が付くと良いことがある。むずむず脚には特効薬がある（という）のだ。ビ・シフロールである。パーキンソン病の薬である。

この病態の患者が入院中なので調べたが、なかでは患者さんグループのHPが内容が豊富である。そのうちの一つをメモ。

むずむず脚症候群（ＲＬＳ）


・・・RLSの治療薬としては、大きく分けて2種類（抗てんかん薬とパーキンソン病薬）があり、その中でもパーキンソン病薬はオフラベルとして比較的重症のRLS患者に処方されています。パーキンソン病薬の種類は数多くありますが、その中でも非麦角系のドーパミンアゴニストの3種類（下記）がRLS患者にオフラベルとして処方されています・・・（ある製薬会社のHPより・・・）

　１：ビ・シフロール　 (2004年1月発売)・・日本ベーリンガーインゲルハイム（株）
２：ドミン　 (1996年6月発売)・・・・・・　同上
　３：レキップ　（2006年12月発売）・・・・グラクソ・スミスライン（株）

これらの薬はパーキンソン病薬としては厚生労働省から承認されていますが、RLS用としては全て承認されていません。しかしビ・シフロールだけが今年の1月20日に承認されました。レキップは本年第三相の治験が始まる予定のようです。


オフラベル

医薬品を、医師の判断（裁量）により、承認された効能・効果以外の目的で、または、承認されていない用法・用量で使用すること。「適応外使用（または適応外処方）」といわれる。

オフラベルなんて阿呆な表現は中止すべきだな。「適応外使用」というちゃんとした表現が昔からあるのだからそれを使ったらよろしい。患者も医師も製薬側も国もだ。ごまかしてどうする！

急性下肢虚血についてまとめ

急性の膝窩動脈閉塞症をこの半年で2例経験した。2例目は今入院中だが実に劇的な改善を呈している。血管外科医に見放された患者なのだがね。ちょっと急性下肢虚血についてまとめておこう。

（1）四肢の急性血栓塞栓症のゴールデンタイムは？
　　　　　6時間

（２）徴候である５’P あるいは６'Psとは？
　　　　　1. pain
　　　　　2. palor
　　　　　3. pulseless
　　　　　4. paresthesia
　　　　　5. paralysis
　　　　　6. prostration

（３）病態の推移は？
　　　　 突然の強い疼痛や脱力感で発症し，
　　　　 神経障害（知覚、運動障害）から
　　　　 水疱形成，
　　　　 皮膚および筋肉壊死へと進行し，
　　　　 全身衰弱から死に至る．

（４）血栓症と塞栓症の比率は？
　　　　　　　 ７：３

（５）　MNMSとは？

• 「虚血再灌流障害」と訳されるが実は原文はmyonephropathic metabolic syndromeという。治療で血流が再開したのはいいが、やがて患肢の「毒素」が体内に逆流し悪さをすること。米国のハイモビッチさんが言い始めた。1960年のことである。なんとかゴールデンタイムで診断から手術にまで持って行って血行を再建させた血管外科医。成功に酔いしれるその外科医を次の瞬間、奈落の底に陥れる災厄である。

（６）重症度および救肢の可能性と危機の判別 （TASCIIによる分類：Trans Atlantic Inter-Society Consensus）




2009年の「末梢閉塞性動脈疾患の治療ガイドライン」による治療適応は

1. 急性動脈閉塞症の診断が確定した時点で，二次血栓予防目的のためheparin投与を行う．
2. TASC区分Ⅰ，Ⅱaは、経カテーテル直接血栓溶解療法（catheter directed thrombolysis：CDT）も可能である．
3. 区分Ⅱbでは，血栓塞栓除去術等の外科的血行再建の適応となる．
4. 区分Ⅲは不可逆性であり，壊死部の切断となる．
   

• 塞栓症では，発症6時間（golden time）以内であれば、血栓塞栓除去術の良い適応である．
• 血栓症では，可逆的な早期であればCDTの良い適応であると考えられている．
• ただしCDTだけでは不十分な場合も少なくなく，この場合は適切な時期に外科的血行再建術を追加する．

R-spondinとは何ものぞや？

spondinには比較的良く知られたThrombospondinに始まり、F-spondin諸々があるらしい。

1. Baenziger NL, Brodie GN, Majerus PW (January 1971). "A thrombin-sensitive protein of human platelet membranes". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 68 (1): 240–3. ----これがthrombospondinの最初の報告のようだー1971年のことだ

R-spondinに限定してと文献検索をすると38報出てくる(as of July 6th, 2011)が、オリジナルは（おそらく）2004年の東京医科歯科大学からのものであろう。Rというのはroof plate-specific spondinから命名したと書いてある。

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Biochim Biophys Acta. 2004 Jan 5;1676(1):51-62.

R-spondin, a novel gene with thrombospondin type 1 domain, was expressed in the dorsal neural tube and affected in Wnts mutants.

Kamata T, Katsube K, Michikawa M, Yamada M, Takada S, Mizusawa H.
Department of Neurology and Neurological Science, Graduate School of Tokyo Medical and Dental University, Japan.

• Abstract

• We identified a novel gene, which encodes a 265-amino-acid sequence with a thrombospondin (TSP) type 1 motif. Unlike the other secretory proteins of the TSP family, this gene encodes no apparent secretion cleavage site, but has a putative nuclear localization signal. Northern blot analysis showed transient expression in the central nervous system (CNS) during development. In situ hybridization showed its expression in the dorsal part of the neural tube on 10 and 12 dpc, especially in the boundary region between roof plate and neuroepithelium. This expression was enhanced in the rostral part. The signals were observed in other tissues such as truncal region neighboring forelimbs and mesenchymal tissues around the nasal cavity. We named this gene R-spondin (roof plate-specific spondin). Transfection of an epitope-tagged R-spondin into COS7 and 293 cells showed its localization in nuclei and medium, suggesting that R-spondin may become secretory or nuclear protein by some processing, while most of other proteins with TSP type 1 domain are secretory proteins. The expression of R-spondin was reduced in Wnt-1/3a double knockout mouse. R-spondin might be a novel marker of the boundary between the roof plate and neuroepithelium and may contribute to the development of dorsal neural tube under the regulation of Wnts.

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この論文以降興味深い論文があるが、例えば・・・・・これ↓

Nat. Genet. 38, 1304–1309 (2006).

Parma, P. et al. R-spondin1 is essential in sex determination, skin differentiation and malignancy.

• R-spondins are a recently characterized small family of growth factors. Here we show that human R-spondin1 (RSPO1) is the gene disrupted in a recessive syndrome characterized by XX sex reversal, palmoplantar hyperkeratosis and predisposition to squamous cell carcinoma of the skin. Our data show, for the first time, that disruption of a single gene can lead to complete female-to-male sex reversal in the absence of the testis-determining gene, SRY.

SRYをさしおいて、潰すと性転換が起こる遺伝子としてR-spondin1が報告されている。

その後のLgr5 (Lgr4,Lgr6)：R-spondinsとの関連

Hans Cleversの所からは今年のはじめにパネート細胞が腸幹細胞のニッチになるという報告が出たが、極く最近PNASとNatureにLgr-5 とR-spondinsとの関連の報告が出た。

さらにニューヨークのMasagueさんの所からはnature medicineに乳癌をモデルにtenascin C (TNC)とWntシグナル特にLgr5の関係についての報告が出ておりその論文の関連遺伝子は下記↓の通りである。

1. musashi homolog 1 (MSI1)
2. leucine-rich repeat-containing G protein-coupled receptor 5 (LGR5).
3. nanog homeobox (NANOG),
4. POU class 5 homeobox 1 (POU5F1), also known as OCT4
5. SRY-box 2 (SOX2).
   

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まずはPNASから

Proc Natl Acad Sci U S A.2011 Jun 21

R-spondins function as ligands of the orphan receptors LGR4 and LGR5 to regulate Wnt/β-catenin signaling

Biological Sciences - Cell Biology
Kendra S. Carmon, Xing Gong, Qiushi Lin, Anthony Thomas, and Qingyun Liu

The Wnt/β-catenin signaling system plays essential roles in embryonic development and in the self-renewal and maintenance of adult stem cells. R-spondins (RSPOs) are a group of secreted proteins that enhance Wnt/β-catenin signaling and have pleiotropic functions in development and stem cell growth. LGR5, an orphan receptor of the G protein-coupled receptor (GPCR) superfamily, is specifically expressed in stem cells of the intestinal crypt and hair follicle. Knockout of LGR5 in the mouse results in neonatal lethality. LGR4, a receptor closely related to LGR5, also has essential roles in development, as its knockout leads to reduced viability and retarded growth. Overexpression of both receptors has been reported in several types of cancer. Here we demonstrate that LGR4 and LGR5 bind the R-spondins with high affinity and mediate the potentiation of Wnt/β-catenin signaling by enhancing Wnt-induced LRP6 phosphorylation. Interestingly, neither receptor is coupled to heterotrimeric G proteins or to β-arrestin when stimulated by the R-spondins, indicating a unique mechanism of action. The findings provide a basis for stem cell-specific effects of Wnt/β-catenin signaling and for the broad range of functions LGR4, LGR5, and the R-spondins have in normal and malignant growth.

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続いてNature Medicine(2011)
Published online 26 June 2011

Breast cancer cells produce tenascin C as a metastatic niche component to colonize the lungs

Thordur Oskarsson,Swarnali Acharyya,Xiang H-F Zhang, Sakari Vanharanta, Sohail F Tavazoie, Patrick G Morris, Robert J Downey, Katia Manova-Todorova, Edi Brogi & Joan Massagué

We report that breast cancer cells that infiltrate the lungs support their own metastasis-initiating ability by expressing tenascin C (TNC). We find that the expression of TNC, an extracellular matrix protein of stem cell niches, is associated with the aggressiveness of pulmonary metastasis. Cancer cell-derived TNC promotes the survival and outgrowth of pulmonary micrometastases. TNC enhances the expression of stem cell signaling components, musashi homolog 1 (MSI1) and leucine-rich repeat-containing G protein-coupled receptor 5 (LGR5). MSI1 is a positive regulator of NOTCH signaling, whereas LGR5 is a target gene of the WNT pathway. TNC modulation of stem cell signaling occurs without affecting the expression of transcriptional enforcers of the stem cell phenotype and pluripotency, namely nanog homeobox (NANOG), POU class 5 homeobox 1 (POU5F1), also known as OCT4, and SRY-box 2 (SOX2). TNC protects MSI1-dependent NOTCH signaling from inhibition by signal transducer and activator of transcription 5 (STAT5), and selectively enhances the expression of LGR5 as a WNT target gene. Cancer cell-derived TNC remains essential for metastasis outgrowth until the tumor stroma takes over as a source of TNC. These findings link TNC to pathways that support the fitness of metastasis-initiating breast cancer cells and highlight the relevance of TNC as an extracellular matrix component of the metastatic niche.

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最後にnature
Nature(2011)
Published online　04 July 2011

Lgr5 homologues associate with Wnt receptors and mediate R-spondin signalling

Wim de Lau, Nick Barker, Teck Y. Low, Bon-Kyoung Koo, Vivian S. W. Li, Hans Teunissen, Pekka Kujala, Andrea Haegebarth, Peter J. Peters, Marc van de Wetering, D. E. Stange, J. van Es, Daniele Guardavaccaro, Richard B. M. Schasfoort, Yasuaki Mohri, Katsuhiko Nishimori, Shabaz Mohammed, Albert J. R. Heck & Hans Clevers

The adult stem cell marker Lgr5 and its relative Lgr4 are often co-expressed in Wnt-driven proliferative compartments. We find that conditional deletion of both genes in the mouse gut impairs Wnt target gene expression and results in the rapid demise of intestinal crypts, thus phenocopying Wnt pathway inhibition. Mass spectrometry demonstrates that Lgr4 and Lgr5 associate with the Frizzled/Lrp Wnt receptor complex. Each of the four R-spondins, secreted Wnt pathway agonists, can bind to Lgr4, -5 and -6. In HEK293 cells, RSPO1 enhances canonical WNT signals initiated by WNT3A. Removal of LGR4 does not affect WNT3A signalling, but abrogates the RSPO1-mediated signal enhancement, a phenomenon rescued by re-expression of LGR4, -5 or -6. Genetic deletion of Lgr4/5 in mouse intestinal crypt cultures phenocopies withdrawal of Rspo1 and can be rescued by Wnt pathway activation. Lgr5 homologues are facultative Wnt receptor components that mediate Wnt signal enhancement by soluble R-spondin proteins. These results will guide future studies towards the application of R-spondins for regenerative purposes of tissues expressing Lgr5 homologues.

やっと見つけたためになるシークエンス・ブログ

こないだのミーティングでは久しぶりにかつてのお知り合い達と旧交を復活させることができた。近年学会にほとんど行かない小生が一番困ることはアカデミズムの先頭ランナーとお話しすることがなくなることであり、あるいはバイオ企業との接触が段々希薄になっていくことである。アカデミズムにいる頃は余りに学会・ミーティングが多く、年々歳々の技術進歩がリアルタイムであるため翻ってその進歩に実感が伴わなかったが、とき偶に学会カンファに出ると不在の間のギャップに驚くとともにそのギャップが一挙に埋まるので楽しい。もっともこの世界ついて行けなくなるほど進歩していないというのが実感だ。まあ日頃から雑誌を読んでいるのでこんなものだろうという現状認識はあるせいでもあるが、それにしてももう少し進化していてもよいのにとはがゆく思うことも多い。

さてさて、とはいえ今の小生が所詮文字だけの「読書バカ」であることは自覚しているし、リアルをしらない弱みはこれは痛いほど自覚している。だから年に一回くらいは「リアルワールド」に触れたくなりふらっとカンファレンスに出る、出ることにしているのである。

ミーティングが始まる30分も前に会場に現れ、最前列近くのマイクスタンドのそばに座る。こんな真面目なことをするのは数十年ぶりかもしれない。全部で9時間近くのセッションだが、一睡もしなかった。一瞬たりとも聞き漏らすことはなかった。こんな真面目な自分に驚く。全ての演題にきちんとノートをとった。演者を捜しては質問した。帰りの電車ではノートを読み返した。家に着いて不明な事象はいろんな手段で再確認した。アカデミズムを離れると、これほど学会が面白くなるとはね。皮肉なものだね。

さてさて本日とても面白いブログに気が付いたのでメモしておく。筆者はシークエンサーの進歩のど真ん中で研究をしているらしい。その筆者がもっぱら現在のシークエンサーの開発技術的側面にのみテーマを絞ってブログを書いている。ご自分の研究については書いておられぬ。シークエンス技術についてここまで語ってくれる方はなかなかいないだろう。ありがたく今後も読ませて頂く。

ショートリードの憂鬱 - 次世代シーケンサー

http://shortreadbrothers.blogspot.com/
というブログである。

昨年9月以降現在まで52件の投稿があるが、小生にはなんとも楽しいブログである。多謝！

老婆心より：もし読まれるなら古い昨年9月の投稿から系時的に読むべきだ。今の投稿は難しすぎるように見えるから。

ナノポア・シークエンス技術の現状

今ある第二世代や第三世代のシークエンサーの次に来る技術としてDNAを直接読む技術の開発が盛んだ。
実際に一本のDNAをどう読んでいくのだろう？

１）電子顕微鏡的に直接読む方法
２）膜に孔を開け、その孔にDNAが通っていく際に発する電流がAGTC によって異なることを利用して読む方法

この二つが少し前から話題になっている。ーー正確には方法１）は見果てぬ夢として昔から夢見られていたーーー

ところで最近２）について講演を拝聴する機会があったがそれはとても面白いお話しであった。想像以上に具体的で、preliminaryながらデータも出始めているのに驚いた。nanopore-gatingという技術である。大阪大学の川合先生という方の講演だったが、工学系の方のお話しなのだが、生物系の私が聞いても難しくない。聴衆をそらさない飽きさせない、技術基盤のしっかりした開発現場の話であった。

分子生物学技術として日本初の機械が上手く育ち上がり、商品化されて世界で使われるようになってほしいものだ。具体的には以下のような技術である。

1. 中心に貯水池のある円盤を想像してほしい。直径は数センチくらいか。貯水池からは外周に向かって1000本程度の溝あるいは水路が掘ってある。
   
   
2. DNAは中心の貯水池から流れにのってこの溝をスルスルと流れいくのだ。そうめん流しを連想すると良い。最初にクシのような領域をDNAは通っていくが、このときDNAは「ほぐれる」「まっすぐに流れる」
   
   
3. 下流にはnanopore-gatingが待っている。細い流路なのでDNAはここを通過せざるを得ないが、だいたい一個の塩基がこのゲートを通過する時間が1msec（1000分の一秒）くらいだ。これ逆に言うとこのデバイスの測定能力が、ほぼ一秒間に1000塩基ということになる。
   
   
4. この小さな水路が1000本あるので、このデバイスの総合能力は1000ｘ1000＝一秒間に100万塩基のシークエンス能力ということになる。
   
   
5. ヒトゲノムを30ｘで読みたいとする。30億ｘ30であり900億。これを100万で割ると90000秒。25時間でヒトゲノムが読めることになる。
   
   
6. このデバイスが1000個ある研究室は一秒間に10億塩基のシークエンス能力を持つことになる。この能力ならシークエンスだけなら900億÷10億＝90秒で終了だ。また1000ドルもかからんだろうことは容易に想像できる。試薬がほとんど登場しないし、ましてや蛍光色素も不要なのだ。
   
   
7. いずれにしてもヒト個人のゲノムシークエンスを1000ドルで可能にする技術の開発はこのナノポア・シークエンス技術抜きではちょっと考えにくいようだ。米国では国家を挙げて開発に躍起になっていると聞いた。これはその後のパーソナルメディスンに計り知れないインパクトを与える技術開発であるし、当然大もうけできる技術のはずなのだ。
   
   
8. 日本もしっかり橋頭堡を守りたいものだ。
   

今後のシークエンス技術について：人的リソースと研究機関

今年の年初の日本であったある学会のスケジュールである。参考になるかな？？