Array Expressから生データをダウンロード

Array Expressに登録されている発現アレイデータで「Human」「colon」をかけると17個のデータファイルがdepositされていることがわかるが、このうち右下のデータはステージIIとIII大腸癌における発現プロファイルの違いの生データである。残念ながらAffymetrixのデータなのでこのままでは使えないが、Agilentではオランダかスウェーデンの乳癌のデータ（５年生存率が出せるデータ付きらしい）があると聞くので、これをさがしたい。

ありました、ありました。例の７０遺伝子による長期予後予測遺伝子プロファイルの生データ。これはもちろんAgilent。論文は

A Naderi, A E Teschendorff, N L Barbosa-Morais, S E Pinder, A R Green, D G Powe, J F R Robertson, S Aparicio, I O Ellis, J D Brenton and C Caldas. A gene-expression signature to predict survival in breast cancer across independent data sets. Oncogene 1507-1516 (2007).

今ダウンロード中であるが、幸いなことにTab-delimited spreadsheet
患者の詳しいデータ付きである。生存期間も月単位で出ている。これを利用しない手はない。